在微生物實驗室，必須達到一定程度的無菌狀態(tài)，以避免微生物污染。一個設計合理的微生物實驗室能提供一個合格的環(huán)境以支持實驗能夠準確有效地進行。首先，需要為實驗室選擇一個合適的物理位置，遠離其他操作區(qū)域。 實驗室必須是微生物實驗專用; 應有專門微生物檢測無菌間，并通過緩沖間與準備間等進行區(qū)隔。所以通常是通過以下幾點來保障實驗室的無菌環(huán)境。

　　通風和氣流

　　微生物實驗室應該有單獨的通風系統(tǒng),與其他操作區(qū)域的空氣供給分開，空調(diào)系統(tǒng)的排氣必須直接排出實驗室，空調(diào)系統(tǒng)應定時清洗，并關(guān)注空氣過濾器的清潔。

　　易清潔

　　實驗室的墻面、屋頂和門都應該是平滑的，光潔易于清洗消毒的。墻的接縫包括強和墻之間，強和地面之間應該是弧形的，任何地方都應該不能聚集灰塵。

　　安保

　　實驗室應該是限制進入的，可以是卡片控制或者其他方式，只有那些被允許進入實驗室的人員才能進入。

　　工作區(qū)域

　　實驗室人員應該有充足的工作區(qū)域，從GLP標準來說，每人應有20平方米的區(qū)域。充足的工作區(qū)域可以避免工作中人員的碰撞，也避免了交叉污染。